东南亚大部分地区属于温暖湿润的热带地区，其气候通常可以形容为季风气候。东南亚动物种类繁多；在婆罗洲和苏门答腊岛上，还可以看到猩猩、亚洲象、马来貘、苏门答腊犀牛和婆罗洲云豹。该地区存在六种熊或熊猫亚种，但巴拉望岛特有的一种现已被列为易危物种。

东南亚以热带气候为主，终年湿热，雨量充沛。越南北部以及老挝和缅甸的山区是东南亚唯一的亚热带气候地区，冬季温和，最高气温低至20°C或68°F。

由于风或季风的季节变化，东南亚大部分地区有雨季和旱季。热带雨带在季风季节会带来额外的降雨。热带雨林是地球上第二大雨林（亚马逊雨林是最大的）。这种热带雨林气候和植被的例外情况是：

北部地区的山区和较高的岛屿，海拔较高，气温较低

中部的“干旱区”缅甸位于若开山脉的雨影区，年降雨量可低至600毫米或24英寸，加上盛行的高温，干燥程度足以达到半干旱状态。

东南亚是世界上最容易受到气候变化影响的地区之一。气候变化将对东南亚农业产生重大影响。例如，灌溉系统将受到降雨和径流变化的影响，从而影响水质和供应。

气候变化也可能对东南亚渔业构成严重威胁。尽管东南亚国家是全球最容易受到气候变化影响的地区之一，但在缓解气候变化的措施方面却相对滞后。门它。

动物

苏门答腊岛（苏门答腊虎）、马来西亚半岛（马里虎）和印度支那（印度支那虎）发现了三种不同的老虎亚种；全部都是濒临灭绝的物种。

科莫多巨蜥是现存最大的蜥蜴物种，栖息在印度尼西亚的科莫多岛、林卡岛、弗洛勒斯岛和吉利莫唐岛。

菲律宾鹰是菲律宾的国鸟。它被科学家认为是世界上最大的鹰，是菲律宾森林的特有种。

野生亚洲水牛以及各个岛屿上与水牛相关的矮水牛物种，例如阿诺阿，曾经广泛分布于东南亚；如今，家养亚洲水牛在该地区很常见，但其剩余的近亲却很稀有且濒临灭绝。

鼷鹿是一种小型的獠牙鹿，大小与玩具狗或猫差不多，主要分布在苏门答腊岛、婆罗洲（印度尼西亚）和巴拉望群岛（菲律宾）。野牛是一种体型比野牛还要大的巨型野牛。野生水牛，主要分布在印度支那。关于东南亚两栖动物的科学信息很少。

绿孔雀和燕鸥等鸟类生活在远至印度尼西亚的这个次区域。鹿海豚是一种四牙猪，也可以在印度尼西亚找到。犀鸟因其喙而受到重视，并用于与中国进行贸易。犀牛角不是头骨的一部分，在中国也很珍贵。