凯利被起诉并被指控预谋谋杀 102 名越南平民。审判定于 1970 年 11 月在佐治亚州本宁堡的军事法庭进行，由一名军事法官和由六名军官组成的陪审团进行。审判持续了四个月。仅陪审员筛选就花了三天时间，主要是因为大多数陪审员候选人承认他们支持凯利并对政府的指控存在偏见。一位潜在陪审员表示：“我感觉就像有人试图陷害某人。”另一位人士表示，他认为起诉凯利是不对的。 “我们真的不知道那里的敌人是谁，”一名上校说。二十五名警官因对凯利表示同情并对政府起诉持敌意而被免除陪审团职务。审判开始前，凯利讽刺地说：“确实如此：1968年3月16日凌晨，我和警官们一起守夜，然后我就是计划杀死美莱村男人的人。我是一个人剪辑已加载，天哪，你还能怎么计划呢？当然，在越南，我们称之为突袭。”检方有 62 名证人，辩方有 44 名证人。美莱村没有证人向法官讲话。检方传唤了一个又一个证人，描述凯利在美莱村的残酷罪行。辩方辩称，凯利只是军方的替罪羊，大屠杀的责任应由梅迪纳上尉承担。几名士兵为凯利作证，告诉法庭是梅迪纳下令杀害越南平民。辩方还传唤了两名士兵。精神分析学家作证称，凯利缺乏预谋谋杀越南平民的心理能力。两位医生都作证称，凯利当时承受着巨大的精神压力，加上他有限的智力和心理结构，根本不可能控制这样的情况。一场大规模屠杀。其中一名医生随后被取消资格之所以成为证人，是因为主持审判的法官对其证词的真实性表示怀疑。凯利也为自己辩护。经直接审讯，他承认在美莱村枪杀了几名越南平民囚犯。但他坚称自己是在执行梅迪纳上尉的命令，并且还否认自己当天杀害了102名平民。凯利明确表示他“没有悔恨”。他说，梅迪纳至少在五个不同的场合告诉他，美莱村的所有居民都必须被消灭，所以他执行了这些命令。凯利还表示，他从不怀疑梅迪纳命令的合法性，并且他为能在梅迪纳上尉麾下服役而感到自豪。然而，对辩方最具破坏性的证人是麦迪纳上尉。当他们进入法庭时，他和凯利互相点了点头，并简短地打了招呼：“嗨！你好吗？”梅迪纳随后作证说，他从未下令杀害越南平民。当被问及是否公民时莲斯应该被杀，他进一步作证：“不，你不能杀妇女和儿童，你必须讲道理。你可以反击，但你必须讲道理。”此外，梅迪纳还声称，屠杀发生之初，他就下令地面部队不要杀害任何手无寸铁的平民。特雷西·麦克格雷迪说，他在大屠杀两天后见到了凯利，并询问他是否发生了暴行。梅迪纳引用凯利的话说：“天啊，我仍然能听到尖叫声。”然而，法院认为这是不可接受的供述，因此该判决从法庭记录中删除。当梅迪纳走下证人席时，她转身向法官敬礼，然后走出法庭，没有看凯利。当陪审团退席审议时，凯利做出了最后的抗辩。他说军方从未告诉他他的敌人是人类。他敦促陪审团理解这一点。美莱村大屠杀三年零两周后，军事陪审团判定威廉·凯利中尉有罪f 谋杀了 102 名越南平民。他被判处终身苦役。 1974年，凯利的无期徒刑被减为10年苦役。最初，军事上诉法院下令将凯利关押在本宁堡的军事监狱中。但尼克松总统取消了这一命令，并下令将凯利软禁在公寓里。凯利在他的公寓里呆了三年才被释放。与大屠杀有关的 30 多人正在接受调查。其中一些人——包括麦迪纳——被送上军事法庭，麦迪纳最初被指控谋杀 102 名越南平民。然而，指控后来减少为谋杀一名越南妇女的谋杀罪，他最终被宣布豁免。凯利是唯一因大屠杀而入狱的人。此案只是美国在越南战争中犯下的罪行的一个代表，从审判结果可以看出，这次审判只是一场战争。合理地给外界一个解释。然而，该案关键人物休·汤普森少尉的表现，依然让人们看到了残酷战争中人性的光辉。