这条东南亚最大的河流发源于中国青藏高原。它的上游是汹涌的山溪，向南流经中南半岛，注入南海。湄公河全长约4200公里，沿途形状变化明显。这条河从海拔5000米的西藏唐古拉山发源地发源地，穿过崎岖的峡谷，向南流过中国边境。这是一条典型的山间溪流，这段河流在中国被称为澜沧江。

湄公河中游发源于中泰边境，流入舒普村北部。在一些地方，它仍然以不可预测的方式蜿蜒穿过山脉。河流一路向东南流，时而穿越狭窄的山谷，时而流经起伏的平原。河道有时很宽d 有时狭窄。由于该地区湍流较大，河流仅部分可通航。

湄公河进入柬埔寨后，呈现出低地河流的形态。
河流携带大量泥沙，水流缓慢。广阔的河道沙洲遍布，水上交通拥堵。这条河在金边分成两条支流。流入越南后，分成许多小溪，流经广阔的沼泽三角洲，与海水相遇。

河水一部分来自山区融雪，大部分来自暴雨。由于夏季潮湿和冬季干燥的降雨分布极不均匀，湄公河的流量变化很大，从早春的细流到夏末的汹涌洪流。

幸运的是，湄公河的洪水受到自然节流的调节。在金边，有一条支流与大河相连柬埔寨湖，又称东丽湖。每年洪水期间，湄公河的一部分向北溢流进入五大湖；在旱季，五大湖的水会倒回湄公河。然而，在人工滞洪池建成之前，湄公河仍然是一条不守规矩的大河，河水随季节涨落明显。